El aspecto de fortaleza que presenta la Catedral se manifiesta también en su torre. De las dos torres proyectadas sólo se construyó una. Ésta se encuentra situada a los pies del edificio en el ángulo noroeste del mismo, como es normal en los edificios góticos, pero en este caso no está inmersa en la planta originaria de la iglesia, sobre las naves laterales, sino exenta. La torre se levanta, como otras partes del edificio, sobre un zócalo en forma de talud o muro inclinado, lo cual aumenta el aspecto de fortaleza.

    
    La planta de la torre es cuadrada, con tres cuerpos mas el de campanas, y con una altura de 37’5 metros. Los materiales empleados son sillares graníticos y mampostería, que junto con el ladrillo son los utilizados también en el resto del conjunto catedralicio. La fecha de construcción de la torre no está clara, pero probablemente fue cimentada en el s. XIII, y se levantaría entre los s. XV y XVI.

     El primer cuerpo presenta en el lienzo occidental una ventana de medio punto abocinada de características estilísticas románicas y, por tanto, arcaicas con respecto al momento de su construcción. La ventana está decorada por una hilera de perlas, que se repite en la moldura de división con el segundo cuerpo, y una serie de motivos vegetales estilizados. En la división entre el primero y el segundo cuerpo, hilera de pomas y rosetas decorativas.

      El segundo cuerpo tiene dos ventanas. La del lado occidental es de estilo plateresco, dividida en dos cuerpos, el inferior está formado por un vano adintelado, dividido por un parteluz y enmarcado por pilastras de orden compuesto y rematado por un friso con la inscripción AVE MARIA. Está fechada en los capiteles de las jambas en 1532. El cuerpo superior está decorado con una concha o venera entre balaustres y un remate de cornisa. Toda la ventana presenta los elementos decorativos propios del plateresco. Es obra de Juan de Ayala. La ventana del lado norte es de estilo gótico tardío. Está formada por un vano adintelado y coronada por un arco trilobulado con venera central y las cabezas en relieve de San Pedro y San Pablo; remata el gablete entre dos pináculos y dos escudos labrados en mármol, uno con el cordero, emblema de la catedral, y otro del obispo Pedro González Manso, que rigió la diócesis de 1526 a 1532. Este segundo cuerpo, cuya construcción podría fijarse en el primer tercio del siglo XVI, muestra el tránsito de la arquitectura española entre las últimas reminiscencias góticas y el primer renacimiento del estilo plateresco. En la división del segundo al tercer cuerpo se emplea una moldura ajedrezada rematada con una crestería gótica.

    Las fachadas norte y oeste del tercer cuerpo presentan dos ventanas adinteladas, decoradas con un cordón formando un arco conopial y decoración de perlas. En 1715 se colocan en estas ventanas las “esferas” del reloj, realizado por Miguel Taramas. El tercer y cuarto cuerpo se separan mediante una sencilla moldura con escudos.

     El cuarto cuerpo es el de campanas, formado por dobles arcos de medio punto, mas uno de campanil en cada frente. Estilísticamente responde a un segundo renacimiento de líneas más puras y clásicas, vigente en España a partir del segundo tercio del siglo XVI. Este cuerpo está rematado con un friso de doble moldura y un busto por cada frente, entre los que aparece el de San Juan en el lado occidental. En sus ángulos, gárgolas figurativas cuya finalidad es evacuar el agua de las lluvias. Fue concluida en 1542 por Gaspar Méndez.

     La torre está coronada por pináculos y almenas con cazoletas de barro vidriado que se utilizaban para las luminarias que se encendían en la ciudad en fechas señaladas, como las vísperas de fiestas. Hay que tener presente que la vida ciudadana se organizaba en torno a su centro religioso y la torre–campanario era el medio de comunicación para convocar a los actos litúrgicos, anunciar los festejos y sucesos cotidianos relevantes, e incluso regular la actividad de la ciudad marcando las horas del día. Estas funciones se cumplían gracias a las campanas y a las mencionadas luminarias.

     Las portadas se caracterizan por la sencillez y severidad de todo el conjunto catedralicio, no presentado los caracteres góticos que le serían propios, pues las primitivas portadas del templo fueron reformadas en distintas épocas adaptándolas a los nuevos gustos. En la actualidad se conservan tres, una central o principal y dos laterales.                   

     La Portada Principal, situada a los pies de la iglesia en el lado occidental, fue mandada construir en 1619 por el obispo Pedro Fernández Zorrilla y el cabildo. Para ello se convocó un concurso público ganado por el proyecto de Melchor Cordero y Sebastián Vázquez, vecinos de Elvas. Dicho proyecto se sometió a las directrices del cabildo y, por dificultades económicas, no llegó a terminarse como estaba previsto. La actual, aunque cronológicamente corresponde a los inicios del estilo barroco, tiene aún fuertes resabios clasicistas. La portada tiene dos cuerpos: el bajo presenta un vano de acceso adintelado enmarcado por pares de columnas jónicas levantadas sobre podiums que soportan un arquitraba quebrado, el alto presenta una hornacina central y dos cartelas rematadas todas por frontones triangulares. En la hornacina fue mandada colocar, en 1692, por el obispo Marín de Rodezno, la actual escultura en piedra de caracteres barrocos de San Juan Bautista. Las cartelas tienen en bajo relieve sendos escudos, uno episcopal y otro del cabildo. La fachada fue concluida definitivamente con su aspecto actual en 1862, fecha en la que se construye la escalinata. Gracias al programa de restauración de catedrales esta fachada fue restaurada en 1994.

     La Portada del Cordero, en la fachada norte de la Catedral, de traza muy sencilla, era la más utilizada por la población, pues está orientada hacia la parte antigua, zona más densamente poblada. También ha sido la más utilizada en procesiones y ceremonias religiosas. Es del siglo XVII y está realizada en mármol blanco. De estructura adintelada con frontón, presenta un Cordero con la cruz, símbolo del templo.